Windows: použite PuTTYgen apikáciu z Putty balíka.

Nasledujúca tabuľka uvádza niekoľko najpoužívanejších klientských PBS príkazov.

PBS batch-úloha

Sekvenčné a paralelné OpenMP úlohy

jobscript-seq.sh (Serial job)
#!/bin/sh
#
# Number of nodes and processors per node (ppn)
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#   Job name
#PBS -N exam-seq
#   File name for stdout
#PBS -o std.out
#   File name for stderr
#PBS -e std.err
#   Queue name
#PBS -q long

echo "JobID=$PBS_JOBID"
echo "Job runs on processors:"
cat $PBS_NODEFILE"

#   Job's working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

















#   Job executable
EXEC="exam-seq"
#   Job inputs
INPUT="matrix.dat 100"
#   Job output
OUTPUT="${EXEC}.output"
#   Job std output/error streams
STDOE="${EXEC}.stdout"

echo "Start serial job: "`date`
echo "------------------------------------"
${EXEC} ${INPUT} ${OUTPUT} 1>${STDOE} 2>&1
excode=$?
echo "------------------------------ -----"
echo "Finish job: "`date`
echo "Exit code: $excode"
exit $excode

jobscript-omp.sh (OpenMP job)
#!/bin/sh
#
# Number of nodes and processors per node (ppn)
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#   Job name
#PBS -N exam-omp
#   File name for stdout
#PBS -o std.out
#   File name for stderr
#PBS -e std.err
#   Queue name
#PBS -q long

echo "JobID=$PBS_JOBID"
echo "Job runs on processors:"
cat $PBS_NODEFILE"

#   Job's working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

#   Number of OpenMP threads
NTH=12

#   Environment variables for OpenMP
export OMP_NUM_THREADS=$NTH
export OMP_THREAD_LIMIT=$NTH
export OMP_DYNAMIC="false"
export OMP_NESTED="true"
export OMP_WAIT_POLICY="active"
export OMP_PLACES="cores"
export OMP_PROC_BIND="true"
export OMP_DISPLAY_ENV="verbose"
#PBS -v OMP_NUM_THREADS, OMP_THREAD_LIMIT, \
       OMP_DYNAMIC,OMP_NESTED, MP_WAIT_POLICY, \
       OMP_PLACES, OMP_PROC_BIND, OMP_DISPLAY_ENV

#   Job executable
EXEC="exam-omp"
#   Job inputs
INPUT="matrix.dat 100"
#   Job output
OUTPUT="${EXEC}.output"
#   Job std output/error streams
STDOE="${EXEC}.stdout"

echo "Start OpenMP job: "`date`
echo "------------------------------------"
${EXEC} ${INPUT} ${OUTPUT} 1>${STDOE} 2>&1
excode=$?
echo "------------------------------------"
echo "Finish job: "`date`
echo "Exit code: $excode"
exit $excode

Paralelné MPI a kombinované MPI+OpenMP úlohy

jobscript-mpi.sh (MPI job)
#!/bin/sh
#
# Number of nodes and processors per node (ppn)
#PBS -l nodes=2:ppn=10
#   Job name
#PBS -N exam-mpi
#   File name for stdout
#PBS -o std.out
#   File name for stderr
#PBS -e std.err
#   Queue name
#PBS -q long

#   Unload all loaded modulefiles
module purge
#   Load MPI version which the program was compiled by
#     and should be used for the job execution
module load openmpi-gcc/1.10.7
export MPI_HOME="/shared/software/openmpi/1.10.7-gcc"

echo "JobID=$PBS_JOBID"
echo "Job runs on processors:"
cat $PBS_NODEFILE"

#   Job's working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

#   Number of MPI processes
NPR=`wc -l < $PBS_NODEFILE`


#   Allocation strategy for MPI processes
ALLOC="--map-by socket"










#PBS -v MPI_HOME



#   Job executable
EXEC="exam-mpi"
#   Job inputs
INPUT="matrix.dat 100"
#   Job output
OUTPUT="${EXEC}.output"
#   Job std output/error streams
STDOE="${EXEC}.stdout"

echo "Start MPI job: "`date`
echo "--------------------------------------------"
mpiexec -np $NPR ${ALLOC} --output-filename ${STDOE} \
        ${EXEC} ${INPUT} ${OUTPUT}
excode=$?
cat ${STDOE}.* >${STDOE}
rm ${STDOE}.*
echo "--------------------------------------------"
echo "Finish job: "`date`
echo "Exit code: $excode"
exit $excode 

jobscript-mix.sh (MPI+OpenMP job)
#!/bin/sh
#
# Number of nodes and processors per node (ppn)
#PBS -l nodes=4:ppn=12
#   Job name
#PBS -N exam-mix
#   File name for stdout
#PBS -o std.out
#   File name for stderr
#PBS -e std.err
#   Queue name
#PBS -q long

#   Unload all loaded modulefiles
module purge
#   Load MPI version which the program was compiled by
#     and should be used for the job execution
module load openmpi-gcc/1.10.7
export MPI_HOME="/shared/software/openmpi/1.10.7-gcc"

echo "JobID=$PBS_JOBID"
echo "Job runs on processors:"
cat $PBS_NODEFILE"

#   Job's working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

#   Number of MPI processes
NPR=4
#   Number of OpenMP threads
NTH=10
#   Allocation strategy for MPI processes
ALLOC="--map-by node:PE=$NTH"

#   Environment variables for OpenMP
export OMP_NUM_THREADS=$NTH
export OMP_THREAD_LIMIT=$NTH
export OMP_DYNAMIC="false"
export OMP_NESTED="true"
export OMP_WAIT_POLICY="active"
export OMP_PLACES="cores"
export OMP_PROC_BIND="true"
export OMP_DISPLAY_ENV="verbose"
#PBS -v MPI_HOME, OMP_NUM_THREADS, OMP_THREAD_LIMIT, \
     OMP_DYNAMIC, OMP_NESTED, MP_WAIT_POLICY, \
     OMP_PLACES, OMP_PROC_BIND, OMP_DISPLAY_ENV

#   Job executable
EXEC="exam-mix"
#   Job inputs
INPUT="matrix.dat 100"
#   Job output
OUTPUT="${EXEC}.output"
#   Job std output/error streams
STDOE="${EXEC}.stdout"

echo "Start MPI+OpenMP job: "`date`
echo "-----------------------------------------------"
mpiexec -np $NPR ${ALLOC} --output-filename ${STDOE} \
        --map-by node ${EXEC} ${INPUT} ${OUTPUT}
excode=$?
cat ${STDOE}.* >${STDOE}
rm ${STDOE}.*
echo "-----------------------------------------------"
echo "Finish job: "`date`
echo "Exit code: $excode"
exit $excode 

Kompilovanie programov sekvenčných, OpenMP, MPI a MPI+OpenMP

1. infraštruktúra ako služba IaaS (Infrastructure as a service),
2. platforma ako služba PaaS (Platform as a service) a
3. softvér ako služba SaaS (Software as a service).

V modeli IaaS sú poskytované virtuálne stroje, dátové úložiská a sieťové spojenie ako služby, pričom používateľ má k strojom plný prístup, má možnosť sám ich administrovať a inštalovať na ne softvér podľa vlastnej potreby. Tento model je vhodný na uplatnenie pre existujúce aplikácie (tzv. „legacy“ softvér). Model PaaS poskytuje softvérové platformy (knižnice, API) v rámci ktorých môže používateľ vyvíjať svoje aplikačné programy a nasadiť ich do klaudu bez toho aby potreboval hlbšie znalosti a skúsenosti s administráciou stroja na nižších úrovniach. V modeli SaaS je poskytovaný kompletný softvér ako služba, ktorú používateľ môže po registrácii okamžite využívať (napr. Google Maps). Pre implementáciu IaaS existuje v súčastnosti niekoľko midlvérov. Medzi najznámejšie patrí komerčný produkt Amazon EC2 a z voľne dostupných sú to OpenStack, OpenNebula a Eucalyptus.

Časť klastra na ÚISAV bola vyčlenená na výskum klaudového počítania. Na experimentálne účely. tam bol nainštalovaný voľne dostupný klaudový midlvér OpenStack, ktorý sa teší širokej popularite aj v priemysle. Je podporovaný s IBM, HP, Cisco, AT&T, Intel, Redhat a mnohými inými významnými spoločnosťami. OpenStack sa nachádza v procese aktívneho vývoja. Pravidelne každý polrok vychádza nová verzia, posledná verzia Grizzly bola vydaná 4. apríla 2013.

OpenStack pozostáva z niekoľkých hlavných komponentov. Každý z komponentov treba skonfigurovať a inštalovať samostatne. Experimentálne boli nasadené na HP klastri s 3 uzlami, v ktorom každý uzol obsahuje dva 4-jadrové Xeon procesory a pevný disk s kapacitou 500 GB. Uzly sú navzájom prepojené sieťou Gigabit Ethernet.

Hlavný uzol„cloudmaster.ui.savba.sk“ je určený na riadenie a boli na ňom nainštalované komponenty: Glance (manažovanie obrazov virtuálnych strojov), Nova-volume (manažovanie virtuálnych diskov), MySQL databáza a Nova-API pre riadenie a komunikáciu s klientami.
Ostatné dva uzly sú výpočtové kde bežia virtuálne stroje a na nich boli nasadené Nova-compute a Nova-network. OpenStack obsahuje viaceré klientské nástroje vrátane rozhrania CLI, grafického webového rozhrania Dashboard, Firefox plugin HybridFox a rozhrania kompatibilného s Amazon EC2.

1. vygenerujte si nový pár kľúčov príkazom:	
	"grid-cert-request -int"
(ak nemáte nainštalovaný tento príkaz, môžete použiť môj 'user' skript ),
štandardne sa nové kľúče ukladajú v adresári „~/.globus“
	- ak sa najprv spýta na meno a priezvisko, vyplňte ich
	- zvoľte aspoň 12 znakovú passfrázu
	- potvrďte krajinu: "C=SK" a oblasť: "O=SlovakGrid"
	- vyplňte skratku názvu organizácie (zamestnávateľa alebo školu)
	- vyplňte meno aj priezvisko v plnom rozsahu (s medzerou)

2. skopírujte si sha1 hash žiadosti získany príkazom:
	"sha1sum usercert_request.pem"
 do formulára Ziadost.doc
 
3. vytlačte a osobne prineste túto žiadosť (formulár) 
	najbližšej registračnej autorite (informácie: ca.ui@savba.sk) a preukážte sa 
	jej platným identifikačným dokladom (občiansky preukaz, cestovný pas)

4. pošlite súbor "usercert_request.pem" navštívenej registračnej autorite.

Starý osobný certifikát môžete počas jeho platnosti použiť na podpísanie 
žiadosti o nový osobný certifikát (rekey request), a to nasledovným postupom:

1. odložte si adresár „~/.globus“ napr. do „~/.globus.bak“

2. vygenerujte si nový pár kľúčov príkazom: 
	"grid-cert-request -int"
(ak nemáte nainštalovaný tento príkaz, môžete použiť môj 'user' skript ),
štandardne sa nové kľúče ukladajú v adresári „~/.globus“
	- ak sa najprv spýta na meno a priezvisko, vyplňte ich
	- zvoľte aspoň 12 znakovú passfrázu
	- potvrďte krajinu: "C=SK" a oblasť: "O=SlovakGrid"
	- vyplňte skratku názvu organizácie (zamestnávateľa alebo školu)
	- vyplňte meno aj priezvisko v plnom rozsahu (s medzerou)

3. podpíšte žiadosť starým (ešte stále platným) certifikátom:
	cd ~/.globus
	openssl smime -sign -text -in usercert_request.pem -signer  \
	    ~/.globus.bak/usercert.pem -inkey ~/.globus.bak/userkey.pem -out rekey.smi

4. pošlite podpísanú žiadosť (súbor rekey.smi ) certifikačnej autorite: 
	ca.ui [AT] savba.sk

5. odložte si adresár „~/.globus“ napr. do „~/.globus.new“ a vráťte naspäť 
starý adresár „~/.globus.bak“ na „~/.globus“ až do času, kým nedostanete nový certifikát, 
ktorým potom prepíšete prázdny súbor ~/.globus.new/usercert.pem 
a potom adresáre znova zameňte

1. vygenerujte si nový pár kľúčov pre host v nejakom adresári, napr. $HOME, 
	na tom stroji kde máte uložený svoj osobný certifikát príkazom:
	"grid-cert-request -dir . -int -host"
(ak nemáte nainštalovaný tento príkaz, môžete použiť môj 'host' skript ),
	- potvrďte krajinu: "C=SK" a oblasť: "O=SlovakGrid"
	- vyplňte skratku názvu organizácie (zamestnávateľa alebo školu)
	- vyplňte FQDN stroja (napr. ce.grid.skola.sk)

2. podpíšte žiadosť svojím platným user-certifikátom administrátora:
	openssl smime -sign -text -in hostcert_request.pem -out rekey.smi  \
	    -signer ~/.globus/usercert.pem -inkey ~/.globus/userkey.pem
	ak ste prihlásený ako root, zameňte "~/.globus" (2x) za adresár, 
	kde máte uložený osobný privátny kľúč a certifikát (alebo ich sem skopírujte)

3. doručte takto podpísanú žiadosť (súbor rekey.smi ) certifikačnej autorite: 
	ca.ui [AT] savba.sk 
	stačí obyčajným e-mailom (netreba ho už podpisovať)

4. po obdržaní nového certifikátu, prepíšte ním prázdny súbor hostcert.pem, 
	ktorý bol vygenerovaný v kroku 1 a spolu s privátnym kľúčom (hostkey.pem) 
	ich premiestnite do adresára „/etc/grid-security“

5. re-konfigurujte (yaim) všetky gridové služby nainštalované na danom hoste, 
	ktoré používajú certifikát (CE, SE, MON, …), 
	alebo nájdite všetky kópie starého kľúča+certifikátu (v rôznych adresároch aj 
	pod inými menami s príponou ".pem", ak majú rovnaký obsah) a 
	nahraďte ich novými kľúčami, potom reštartujte tieto služby (alebo rebootujte host)

	Webové prezerače vyžadujú certifikáty vo formáte „PKCS12“ 
	zatiaľ čo gridové služby používajú certifikáty vo formáte „PEM“. 
	Na konverziu formátov je možné použiť príkaz: "openssl".

1. Konverzia z formátu „PEM“ do „PKCS12“:
	openssl pkcs12 -export -inkey userkey.pem -in usercert.pem -out usercred.p12 -name "certname"
	userkey.pem – osobný privátny kľúč (musí mať nastavené práva na čítanie iba pre vás)
	usercert.pem – osobný certifikát
	usercred.p12 – meno výstupného certifikátu vo formáte PKCS12
	"certname" – (nepovinné) meno certifikátu za účelom rozpoznania v prípade že 
		prehliadač má importovaných viacero certifikátov (napr. "SlovakGrid")

2. Konverzia z formátu „PKCS12“ do „PEM“:
	openssl pkcs12 -nocerts -in usercred.p12 -out userkey.pem